2003年，甘肃建投在发展上遇到了前所未有的困难和挑战。当时，企业累计亏损1.27亿元，当年亏损达6670万元，工程款拖欠高达15.2亿元。到2005年，甘肃建投已连续亏损了8年，企业背负着沉重的压力。面对严峻形势，在“二次创业”的旗帜下，公司稳步推进企业改革改制，利用特级资质实行总承包模式，加大项目管理创新力度；积极主动组建具有独立法人的劳务公司，劳整合重组务队伍，“两层分离”的步伐明显加快；主动盘活资源，积极实施房地产开发；海外经营走出“低谷”，完成营业额、签定合同额创历史新高。2003年，总产值突破30亿元大关，2005年突破40亿元，2006年，完成总产值46.5亿元，甘肃建投首次跻身“中国建筑承包商60强”行列。2008年，产值达到68亿元，工程质量保持全省领先地位。